Los fertilizantes nitrogenados pueden clasificarse en tres formas: nitrógeno ureico, nitrógeno amoniacal y nitrógeno nítrico.
El nitrógeno es un elemento esencial para el correcto desarrollo fisiológico de las plantas. Pertenece al grupo de nutrientes denominados macronutrientes, debido a que es consumido en abundantes cantidades durante su desarrollo.
El nitrógeno es un constituyente estructural de muchas enzimas en las plantas, forma parte de los aminoácidos, proteínas, enzimas, clorofila, entre muchos otros. 
Nitrógeno – Urea (-COO(NH2)2
La molécula de urea no posee carga eléctrica. Cuando la urea entra en contacto con el suelo rápidamente se transforma en amonio (NH4+) y dióxido de carbono (CO2). Esto regularmente toma de 24 a 48 horas. En la transformación de la urea a amonio y dióxido de carbono interviene una enzima denominada ureasa, que está presente en casi todos los suelos.
La interacción del amonio derivado de la urea con el agua provoca la formación de hidróxido de amonio, lo que disminuye el pH en un área localizada.
Cuando el nitrógeno se aporta así a la producción agrícola existe una alta perdida de nitrógeno por volatilización. Los factores que influyen en la volatilización son la CIC, el pH del suelo, contenido de bicarbonatos y la humedad del suelo.
Nitrógeno – Amoniacal (NH4+)
El amonio es una molécula con carga positiva (catión), lo que significa que es retenido en el suelo por las arcillas de carga negativa. Otros nutrientes con carga positiva como el calcio (Ca) y magnesio (Mg) también son retenidos por arcillas de carga negativa.
El amonio puede desplazar al calcio y en menor medida al magnesio del complejo de cambio. En pocos días el amonio (NH4+) es oxidado por las bacterias del suelo y transformado a nitrato (NO3–)
El amonio es toxico para las plantas en grandes cantidades, algunas especies son más susceptibles que otras, por lo que este factor nunca debe pasarse por alto.
Algunos fertilizantes nitrogenados con nitrógeno amoniacal con: nitrato de amonio y fosfato de amonio.
Nitrógeno – Nitrato (NO3–)
El nitrato posee una carga negativa (anión), por este motivo no puede unirse a las partículas de arcilla como el amonio. El amonio tiene un gran poder oxidativo, por lo que reacciona fácilmente con nutrientes como el hierro.
Los microorganismos del suelo aprovechan el oxígeno del nitrato para respirar, y con ello provocan una disminución de oxígeno en el área radicular, pudiéndose provocar desnitrificación de los suelos.
Algunos fertilizantes nitrogenados con nitrógeno en forma de nitratos son: nitrato de amonio, nitrato de potasio, nitrato de calcio, nitrato de magnesio, entre otros.
¿Qué tipo de nitrógeno debo aplicar a mi cultivo?
Los aplicaciones excesivas de fuentes amoniacales durante el desarrollo del fruto puede provocar desbalances nutricionales del calcio.
En esta decisión tienen que considerase factores como tipo de cultivo, edad del cultivo, clima de la región, tipos de suelos, disponibilidad de agua, así como de fertilizantes.
Se debe de considerar la susceptibilidad del cultivo al amonio.
Cuando se usa amonio como fuente de nitrógeno, las cantidades de magnesio (Mg) y calcio (Ca) en la planta ser reducen, y se observan concentraciones más altas de estos mismos elementos cuando la fuente es nitrato.
Eso indica que es preferible utilizar fuentes amoniacales de nitrógeno durante el desarrollo vegetativo de la planta y utilizar fuentes nítricas o nitrógeno en forma de nitrato para la etapa de desarrollo de frutos.
Especialmente en cultivos como tomate y pimiento, en donde desbalances nutricionales en el calcio, provocados por el nitrógeno amoniacal provocan la fisiopatia conocida como pudrición apical o blossom end rot (BER).